El cruce del istmo hasta la ciudad de Panamá sólo podía hacerse a través de dos rutas, dada la cantidad de lagunas y zonas pantanosas que se encuentran en la zona. Una por tierra, Camino real de Portobelo hasta la misma Panamá pasando por el pueblo Las Cruces. La otra, remontando contracorriente el río Chagres en embarcaciones fluviales denominadas Chatas y Bongos, hasta el desembarcadero de Las Cruces, para desde allí proseguir a pie. Dada la cantidad de equipo que tienen que transportar los expedicionarios, eligen la ruta del río Chagres, y solicitan al presidente de Panamá D. Dionisio Martínez de la Vega las embarcaciones que puedan transportarles desde Portobelo a la desembocadura del río, y desde allí remontarlo hasta Las Cruces. Llegadas las embarcaciones, las cargan con todo el equipo y llegan el día 22 de diciembre a la desembocadura.
La descripción que hace del tramo del río recorrido Antonio de Ulloa es extraordinaria (ruta azul). No cesa de maravillarse por la frondosidad de los bosques y selvas por las que atraviesa el curso de agua, así como por los animales tan exóticos que aparecen ante sus ojos. El día 28 llegan al pueblo de Las Cruces donde desembarcan y realizan los preparativos necesarios para proseguir el camino a pie hasta Panamá (ruta verde).