En Panamá piden que se les confeccione tiendas de campaña y reúnen las provisiones necesarias para el siguiente trayecto. Acuerdan sus pasajes y embarcan en el «San Cristóbal» para dejar Puerto Perico el 21 de febrero de 1736. Dejan al Norte Punta Mala y navegan hasta llegar a las proximidades de la Bahía de San Antonio (Esmeraldas). Desde allí, irán costeando hasta Playa Manta a la que llegarán el 9 de marzo. Dos son las razones por las que se detienen en este paraje, según nos cuenta Antonio de Ulloa. La primera que desde ese punto, exactamente desde el pueblo interior de Monte Cristo, podría iniciarse una triangulación hasta Quito para determinar la extensión de un grado del ecuador. Era éste un objetivo de segundo orden en la expedición, supeditado a la medición del grado de meridiano, pero que también suscitaba un gran interés y era la ocasión de poner a prueba instrumentos y equipos. Una excursión de un par de días les hizo desistir en su empeño, dado lo accidentado de la orografía y la espesura de los bosques que encontraron. La segunda razón para detenerse fue la de aprovisionarse de agua fresca, realizar una nueva «aguada», ya que este tramo del viaje se había prolongado más de lo previsto.
Con todo, deciden demorarse un tiempo más para determinar la posición del lugar, hallar el punto en el que el ecuador corta la costa y realizar experimentos con el péndulo.
Es en esta etapa cuando Bouguer y Condamine acuerdan proseguir rutas distintas hacia Quito. Bouguer proseguirá hacia el Sur hasta Guayaquil ; Condamina volverá hacia el Norte para remontar el río Esmeraldas y cartografiar la ruta.
