El día 13 de marzo, dejan por fin Playa Manta, pasando entre la costa y la Isla de la Plata, para poner rumbo hacia el Sur, y llegar el día 17 a las proximidades de Cabo Blanco. Desde allí, costean hasta la desembocadura del río Túmbez, donde fondean para dar cumplimiento a negocios del San Cristóbal. Terminados éstos, se dirigen hacia la isla de Puná y con la ayuda de un práctico fondean en su puerto el día 24. Tenían previsto observar un eclipse de Luna que se iba a producir el día 26, pero se dieron cuenta de que el poblado del puerto de Puna no reunía las condiciones para asentar los instrumentos, particularmente el péndulo, por lo que acto seguido decidieron remontar el río hasta Guayaquil en lanchas de remeros. Finalmente las condiciones climáticas les impedirían observarlo. El barco llegaría posteriormente a la ciudad para desembarcar todo el equipamiento de la expedición.
Desde Guayaquil partirían las órdenes a los corregidores para que facilitaran en la medida de lo posible el viaje a los científicos. Se pide que se envíen animales de carga a Puerto Caracol para que pudieran, a partir de este punto, proseguir su viaje a pie.